Nasce no lago Lauri ou Lauricocha (em quíchua, cocha, 'lago'), nos Andes do Peru, a pouco mais de 10° de Lat. S. Corre primeiramente na direção geral sul-norte, como um rio de montanha, com forte gradiente e vertentes muito altas. A partir do Pongo de Manseriche, seu curso se inverte definitivamente para a direção oeste-leste, até a foz, no Atlântico. Corre, então, quase sempre, a menos de 5° de latitude meridional. Nesse trecho, correspondente à maior parte do curso, o Amazonas tem declive muito fraco e divaga seu leito numa várzea, limitada pelas escarpas de um baixo tabuleiro sedimentar. No Brasil, o rio Amazonas desce de 65m de altitude, em Benjamin Constant AM, ao oceano, após um percurso de mais de 3.000Km. Tem, portanto, um gradiente médio de 20mm/Km.
O curso médio do Amazonas vai do Pongo de Manseriche, no Peru, até a cidade brasileira de Óbidos, a cerca de 1.000Km da foz, e onde já se fazem sentir os primeiros efeitos das marés. Os países diretamente banhados pelas águas do Amazonas são: Peru, Colômbia (num curto trecho) e Brasil; mas, compreendidos em sua bacia, estão, ainda: Bolívia, Equador, pequenos trechos da Venezuela e a Guiana (antiga Guiana Inglesa).
No Peru, o rio tem os nomes de Tunguragua, na parte mais alta, e Marañón, até a foz do Ucayali; no Brasil, entre as bocas dos rios Javari e Negro, é conhecido pela denominação de Solimões. O rio Amazonas tem 5.825Km de extensão. Repete-se , com frequência, que ele ocupa o terceiro lugar entre os rios mais longos do mundo, depois do Nilo (com 7.400Km) e do Mississippi-Missouri (6.418Km); no entanto, este último só é mais extenso que o Amazonas se o seu principal formador for considerado o Missouri.
Na realidade, isto requer uma fixação do conceito de "formador principal". Nenhum critério físico pode ser considerado de valor absoluto em tal determinação, a saber: o formador de maior volume de águas; o que segue a direção do vale principal; o mais extenso para montante de confluência; o de perfil longitudinal mais rebaixado. Ora, tais condições são preenchidas pelo Ucayali, e não pelo Marañón. Se aquele for considerado o formador principal do Amazonas, terá este último 6.571Km e será superado em extensão apenas pelo Nilo. Mas a tradição indica o Marañón como o caudal mais importante, assim como também considera o Missouri como tributário do Mississippi. É, pois, o Amazonas o segundo rio mais extenso do planeta.
A bacia do Amazonas é a mais vasta do mundo; tem 5.846.100Km2, sem contar 992.000Km2 da bacia do Tocantins, em geral erradamente adicionada à do Amazonas, embora não deságüe no mesmo, já que tem embocadura independente. A descarga do rio Amazonas é também, por larga margem, a mais volumosa. Em junho de 1963, o U.S. Geological Survey, associado a universidade do Brasil e à marinha de guerra deste país, mediu a vazão do Amazonas em Óbidos, encontrando um valor de 216.342m3, de água, por segundo.
Vale a pena notar que, mais abaixo do citado local, o Amazonas recebe ainda caudalosos afluentes, como os rios Tapajós, Xingu, Pará e Jari. Estima-se que o Amazonas lance ao oceano uma descarga equivalente a 11% da de toda a massa de águas continentais. É verdade que, geralmente em julho, o rio Amazonas, em Óbidos, já ultrapassou o máximo das enchentes (alcançado em junho), porém está acima do nível médio das águas. O mínimo de vazante ocorre em outubro-novembro. Entre um e outro, o nível das águas do Amazonas varia, em média, 10,55m.
No médio e baixo cursos, as águas do Amazonas correm com uma velocidade média de 2,5Km por hora, que pode aumentar até 7 a 8Km/hora, em Óbidos, onde o grande rio transpõe sua garganta mais estreita em território brasileiro, com cerca de 2.600 metros de largura. Nas águas baixas, sua colossal largura é disfarçada por numerosas ilhas, que dividem o rio-mar em vários braços, chamados, paranás. Somente durante os aguaceiros se perdem de vista as margens. Fora do estuário, o trecho mais largo do Amazonas, não interrompido por ilhas, fica a cerca de 20Km para montante da boca do Xingu, onde tem 13Km de largura. É claro que, durante as grandes cheias, o Amazonas, pode alcançar, em determinados trechos, 40 a 50Km ou mais de largo.
Desde a embocadura até a cidade de Iquitos, numa distância de 3.700Km, o rio Amazonas é regularmente navegado por navios de alto-mar (da Booth Line), sem qualquer perigo, visto que, em seu talvegue, as profundidades só se tornam inferiores a 20m nas vizinhanças da fronteira peruano-brasileira. Em Óbidos, a profundidade máxima de sua secção tem mais de 50m.
O rio Amazonas recebe grande número de afluentes. Da margem direita, os mais importantes são: Huallaga, Ucayali (no Peru); Javari, Juruá, Purus, Madeira, Tapajós e Xingu (no Brasil). Pela margem esquerda: Pastaza, Napo (no Peru); Içá, Japurá, Negro, Trombetas, Paru e Jari (no Brasil).
Em sua foz, o Amazonas se divide em dois braços: o braço norte é o mais largo e corresponde ao verdadeiro estuário; o braço sul é conhecido pelos nomes de rio Pará e baía de Marajó. Na realidade, esta é uma saída falsa, à qual o rio Amazonas se liga através de uma série de canais naturais ( os furos de Breves), dos quais o mais importante é o furo de Tajapuru. As principais ilhas formadas pelo Amazonas são: Marajó, Caviana, Mexiana e Grande de Gurupá. Fora da embocadura, a maior ilha é a de Tupinambarana, junto à confluência do Madeira.
A portentosa hidrografia amazônica apresenta fenômenos muito curiosos. No baixo curso, o mais famoso é a chamada pororoca, encontro violento das águas do rio com as do mar, sobretudo no mês do outubro, quando as águas estão baixas, e por ocasião das marés altas de sizígia. O fenômeno é particularmente sensível nos lugares pouco profundos, onde a sucessão de ondas fortíssimas pode causar danos e naufrágios.
No Guamá e outros rios de planície que desembocam no estuário amazônico, verificam-se duas enchentes por dia, as marés de água doce, provocadas pela variação diurna do nível do mar. Outro fenômeno que se observa no Amazonas e grandes afluentes, em todo o seu percurso de planície, é o das terras caídas, resultante do solapamento das margens.
Especial interesses tem resultado das pesquisas recentes efetuadas sob a direção de H. Sioli, relativamente à coloração das águas dos rios da Amazônia. Os rios negros têm essa cor devido à dissolução de ácido húmico. São portanto águas de pH baixo, e que carregam muito poucos sedimentos. Esses rios formam belas praias. São exemplos de rios de água preta: o rio Negro, o Nhamundá, o Maués. Os chamados rios brancos têm águas barrentas; carregam muita matéria sólida fina, e têm por isso, várzeas de solos ricos. Destes são exemplos o próprio Amazonas, o rio Branco (afluente do Negro), o Juruá, o Purus e o Madeira. Os rios transparentes tomam, após as primeiras chuvas, tonalidades verdes, em virtude da grande quantidade de partículas de musgo que transportam. É o caso de Tapajós e do Xingu.
As águas tisnadas de argila do rio Amazonas tingem o oceano Atlântico até uma distância superior a 200Km da costa e diminuem sensivelmente sua salinidade. Por esse motivo, seu descobridor, o navegador espanhol Vicente Pinzón, deu-lhe, em 1500, a denominação de Mar Dulce. Quem primeiro desceu o Amazonas e lhe deu o nome que tem hoje foi Francisco Orellana, em 1542. Enviado por Gonzalo Pizarro desde o Peru para reconhecer o grande rio, fez de sua viagem uma narrativa fantasiosa, em que, entre outras peripécias, teria sido atacado por índios. A estes, Orellana confundiu com guerreiras, que assimilou às da lenda grega.
Os afluentes mais importantes do Amazonas descem de regiões elevadas, com clima úmido (mais de 1.500mm de chuvas por ano). Têm, por isso, um imenso potencial hidrelétrico. Apesar disso, o rio Amazonas não tem enchentes particularmente danosas.
O Amazonas recebe águas provenientes do sistema Parima ou Guiano, situado no hemisfério norte, e do planalto Brasileiro no hemisfério sul. Uns e outros têm enchentes causadas pelas chuvas de verão. Como as estações se alternam nos dois hemisférios, há uma compensação no regime das águas do coletor principal, denominada interferência. Os rios vindos do sul (margem direita) preponderam, entretanto, pelo volume, desempenhando assim maior papel no ritmo e na altura das enchentes do Amazonas. Menor influência que os afluentes brasileiros tem os formadores que descem dos Andes, cujas águas são alimentadas pelo derretimento das neves. O médio, como o baixo Amazonas, não corre exatamente no eixo da bacia sedimentar: está ligeiramente deslocado para o norte. Isto faz com que os tributários da margem direita sejam mais longos ( o Juruá, o Purus e o Madeira têm mais de 3.000Km) e mais navegáveis, enquanto os da esquerda são mais curtos e encachoeirados. O baixo platô de sedimentos terciários do Amazonas é mais largo no interior e se estreita perto do Atlântico. É que antes do soerguimento dos Andes havia lá um grande golfo, aberto para o Pacífico. O levantamento da cordilheira formou um mediterrâneo, que na era terciária foi sedimentado e passou a drenar as águas para leste. A denominação dada por Pinzón, pois, um sentido genético.
